למרות יעילותה בשדות ובחממות, הדברה ביולוגית נתקלת בקשיים משמעותיים בסביבה הביתית:

סף סבילות נמוך: הדברה ביולוגית מחייבת נוכחות של "מזון" (מזיקים) כדי שהאויב הטבעי ישרוד. בבית, רוב האנשים מעוניינים באפס מזיקים, בעוד שהדברה ביולוגית שואפת רק לריסון האוכלוסייה.

מטרד משני: החדרת "חרקים טובים" (כמו צרעות טפיליות או עכבישים) לחצר או לבית כדי להדביר "חרקים רעים" נתפסת כשלעצמה כמטרד אסתטי או פסיכולוגי עבור הדיירים.

תנאי סביבה מוגבלים: המערכת האקולוגית בבית היא "סגורה" וחסרה את התנאים הדרושים לאויבים הטבעיים כדי לשגשג ולהתרבות לאורך זמן.

מהירות התגובה: כאשר מזהים נמלים במטבח או תיקנים בחצר, הדייר מצפה לפתרון מיידי. הדברה ביולוגית היא תהליך הדרגתי שלוקח שבועות, זמן שאינו רלוונטי במקרה של התפרצות בסביבה זו.